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Western Blot 中隱藏的生化危機(jī):抗體選擇

Western Blot 又稱為蛋白質(zhì)印跡,是分子生物學(xué)、生物化學(xué)和免疫遺傳學(xué)中常用的基于抗體抗原之間特異免疫反應(yīng)的一種定量或定性檢測蛋白的實(shí)驗(yàn)方法。

其基本原理為:聚丙烯酰胺凝膠電泳將不同分子量的蛋白質(zhì)樣品分離,分離后的蛋白被轉(zhuǎn)移到固相支撐物(雜交膜)上,抗體特異性識別目標(biāo)蛋白,通過酶促反應(yīng)或者化學(xué)發(fā)光等方法將目標(biāo)蛋白可視化,從而對蛋白進(jìn)行定性或者定量研究。

抗體與抗原之間的特異性識別是 Western Blot 實(shí)驗(yàn)中**為關(guān)鍵的一個(gè)步驟,選擇的抗體是否合適、抗體的質(zhì)量優(yōu)劣都關(guān)乎實(shí)驗(yàn)的成敗。下面將從高品質(zhì)抗體的選擇、驗(yàn)證數(shù)據(jù)對抗體的重要性及內(nèi)參抗體的選擇標(biāo)準(zhǔn)等方面給大家一些建議。

質(zhì)量是甄選優(yōu)質(zhì)抗體的首要標(biāo)準(zhǔn)

2015 年,刊登在 Nature 的一篇文章深度闡述了目前抗體試劑的現(xiàn)狀與問題,給全世界科研工作者敲響了警鐘。當(dāng)抗體試劑遭遇信任危機(jī),我們更應(yīng)深刻反思:如何才能獲得高質(zhì)量、合適的抗體試劑。(查看全文)

市面上常見的抗體有進(jìn)口品牌、國產(chǎn)品牌、進(jìn)口品牌國內(nèi)分裝這幾種類型。大部分進(jìn)口品牌在抗體的質(zhì)量、特異性、效價(jià)及保存條件方面較有保障。而有些國產(chǎn)品牌的抗體,在做 Western Blot 時(shí),由于其特異性不高,導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)結(jié)果出現(xiàn)背景不干凈,非特異性條帶多等問題。進(jìn)口品牌國內(nèi)分裝則是個(gè)別經(jīng)銷商從廠家買到產(chǎn)品后,再通過稀釋、分裝、重新貼牌之后賣給客戶,這樣的抗體雖然價(jià)格相對便宜,但質(zhì)量良莠不齊,批間差異較大。

要確??贵w的高質(zhì)量,我們通常是選擇可信賴的品牌,此外,還應(yīng)注意抗體的供應(yīng)商渠道是否正規(guī),其供應(yīng)鏈物流是否專業(yè)。綜合這幾方面因素,Sigma-Aldrich 都是不錯(cuò)的選擇。Sigma-Aldrich 是國內(nèi)**早實(shí)行電子商務(wù)的生命科學(xué)產(chǎn)品供應(yīng)商,并以直銷為主導(dǎo),避免了中間流通環(huán)節(jié)的問題,加上其強(qiáng)大的物流體系,很大程度上降低了銷售環(huán)節(jié)可能帶來的實(shí)驗(yàn)風(fēng)險(xiǎn)。

完善的驗(yàn)證數(shù)據(jù)是抗體選擇的必要參考

優(yōu)質(zhì)抗體還應(yīng)具備完善的驗(yàn)證數(shù)據(jù)和詳細(xì)的信息標(biāo)注,比如:是否明確標(biāo)注其可以用于 Western Blot、是否有足夠的數(shù)據(jù)支持證明該抗體適用于某一組織或者樣本、是否有明確的抗體建議稀釋濃度、該抗體的識別位點(diǎn)是連續(xù)的氨基酸序列的一級結(jié)構(gòu)還是非連續(xù)性氨基酸的三維結(jié)構(gòu)位點(diǎn)……這些信息和數(shù)據(jù)的真實(shí)性及完整性是保證 Western Blot  實(shí)驗(yàn)順利進(jìn)行的關(guān)鍵。

關(guān)于這一點(diǎn),HPA 金標(biāo)抗體及其所提供的數(shù)據(jù)是一個(gè)很好的案例。HPA 抗體數(shù)據(jù)庫覆蓋了人類 85% 的蛋白,每支抗體均通過嚴(yán)格的抗原序列篩選及親和層析純化流程,確保其特異性和純度。此外,每支抗體在多種組織樣品中經(jīng)過蛋白芯片、Western Blot、免疫組化、免疫熒光等實(shí)驗(yàn)的驗(yàn)證,并獲得學(xué)術(shù)委員會的認(rèn)證。作為重要的參考數(shù)據(jù),所有的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證、發(fā)表文獻(xiàn)和生物信息學(xué)預(yù)測都公布在 proteinatlas.org 網(wǎng)站供大家免費(fèi)查詢。完善的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)支持可避免因信息不完整而造成的選擇錯(cuò)誤。

有效的內(nèi)參抗體是實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)確的重要憑證

在 Western Blot 中,內(nèi)參是由持家基因編碼表達(dá)的蛋白(Housekeeping Proteins),在各組織和細(xì)胞中的表達(dá)相對恒定,在檢測蛋白的表達(dá)水平變化時(shí)常用來做參照物。借助內(nèi)參校正蛋白質(zhì)定量、上樣過程中存在的實(shí)驗(yàn)誤差,是證明 Western Blot 實(shí)驗(yàn)結(jié)果真實(shí)可靠的重要憑證。一些常見的內(nèi)參基因及抗體包括 β-actin、GAPDH、PCNA、α-Tubulin 等。

值得注意的是,不同的內(nèi)參抗體只適用于一定范圍的樣本和組織,我們需要查閱參考文獻(xiàn),并根據(jù)樣本和組織的差別選擇合適的內(nèi)參抗體,以確保實(shí)驗(yàn)的準(zhǔn)確性。(如下表所示)

內(nèi)參抗體選擇標(biāo)準(zhǔn) 參考依據(jù)(貨號為 Sigma 公司推薦)
根據(jù)目的蛋白種屬來源 哺乳動物:GAPDH(G8795)、β-actin(A5441)、β-tublin(T2200)
植物:Plant actin(A0480)、Rubisco(R8000)
目的蛋白分子量大小 一般同內(nèi)參相差5kDa
目的蛋白的定位 核定位蛋白:Lamin B(L9393)、TBP、Histone H3(H9289),PCNA(WH0005111M2)
膜定位蛋白:Na/K ATPase(A276)
線粒體定位蛋白:VDAC1/膜孔蛋白(AV35122) 、COX IV
胞質(zhì)定位蛋白:GAPDH、β-actin、β-tublin (同樣適用于全細(xì)胞樣品檢測)
特異性及具體實(shí)驗(yàn)?zāi)康?/td> β-actin 在肌肉組織中含量很少
細(xì)胞增殖實(shí)驗(yàn)中,c-Jun 由于自身表達(dá)變化就不適合做內(nèi)參
凋亡檢測時(shí),不適宜選擇LaminB、TBP 等作為內(nèi)參

在 Western Blot 中如果抗體選擇或使用不當(dāng),可能會造成無信號、弱信號、高背景、有雜帶等實(shí)驗(yàn)問題,下表就此類實(shí)驗(yàn)問題給出案例分析和解決方案,供參考。

實(shí)驗(yàn)問題 原因 解決方案
無信號或信號弱 一抗不純或特異性低 重新選擇或制備高特異性的抗體,純化抗體
抗體不工作 設(shè)置對照,分別檢查一抗、二抗是否能正常工作;檢查一抗及二抗種屬來源及亞型,正確選擇抗體
抗體濃度低,孵育時(shí)間短 增加抗體孵育時(shí)間;降低洗滌強(qiáng)度。
背景高 一抗?jié)舛雀?/td> 優(yōu)化抗體濃度,推薦使用單抗
二抗?jié)舛雀?/td> 增加抗體的稀釋倍數(shù)
非特異性條帶 一抗不純或特異性低 重新選擇或制備高特異性的抗體,純化抗體
二抗非特異性 只設(shè)置二抗對照,評估二抗影響
反影或條帶為黃色 二抗?jié)舛雀?/td> 增加抗體的稀釋倍數(shù)
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以上是關(guān)于 Western Blot 實(shí)驗(yàn)過程中如何選擇合適的、高品質(zhì)抗體的一些建議,以及由于抗體選擇和使用不當(dāng)而造成實(shí)驗(yàn)失敗的問題總結(jié),希望能給大家一些幫助和啟發(fā)。此外, Western Blot 還有很多關(guān)鍵的實(shí)驗(yàn)環(huán)節(jié)需要注意,比如怎樣制備高質(zhì)量的蛋白樣品、怎樣保護(hù)蛋白樣品不被降解、怎樣配制合適的 SDS-PAGE  凝膠等,在之后的篇章里會逐步為大家介紹。