讓我們面對現(xiàn)實， 凝膠電泳是一種痛苦。它需要制作緩沖液，澆注凝膠，加載孔，跟蹤它們的遷移，成像和記錄結(jié)果并處理數(shù)據(jù) - 然后處理有毒廢物 - 所有這些都要評估一些大分子的相對遷移。預(yù)制凝膠和預(yù)制緩沖液使事情變得容易一些，但許多研究人員仍然歡迎在核酸（和蛋白質(zhì)）分析工作流程中實現(xiàn)更多自動化?，F(xiàn)在，由于自動凝膠電泳系統(tǒng)，他們可以得到它。
幾種 商業(yè)系統(tǒng)能夠使運行凝膠所需的一些或所有步驟自動化。與平板凝膠電泳一樣，這些系統(tǒng)利用了大分子響應(yīng)電場而通過晶格網(wǎng)狀凝膠差異遷移的傾向。安捷倫科技公司營銷和支持經(jīng)理Knut Wintergerst表示，在很大程度上，自動電泳可以完成平板凝膠的大小測定，定量，尋找完整性/雜質(zhì)和DNA片段分析。
然而，在大多數(shù)情況下，這些網(wǎng)狀物包含在狹窄的外殼內(nèi)，例如玻璃或聚合物毛細管或微流體通道。當(dāng)大分子穿過凝膠時，它們會拾取熒光染料，使儀器的光學(xué)系統(tǒng)能夠在它們經(jīng)過時檢測到它們。這使研究人員可以即時查看分離，并立即自動記錄和數(shù)字化存檔。21 CFR Part 11合規(guī)包通?？捎?。
此類儀器還具有手動操作時間，總體速度，易用性，再現(xiàn)性和/或樣品要求等額外優(yōu)勢 - 在某些情況下，只需1μl的5 pg /μlDNA溶液就足夠了。
此外，諸如Agilent 2100生物分析儀等儀器可用于測量使用平板凝膠無法實現(xiàn)的RNA完整性評估，Wintergerst說。“RNA是一種非常脆弱的分子，”他說。“在你將RNA轉(zhuǎn)錄成cDNA之前，你需要確保它具有良好的質(zhì)量。”2100生物分析儀軟件將神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)算法應(yīng)用于從電泳圖中提取的各種參數(shù)（由儀器生成的數(shù)字軌跡）評估樣品的完整性，為其指定1**10的RNA完整性等級（RIN）評分，其中10表示高質(zhì)量樣品，1或2表示高度降解的RNA。RIN已成為行業(yè)標(biāo)準(zhǔn); 此后，其他RNA完整性評分算法也得到了發(fā)展，并且通常會采取很大的痛苦來證明它們與RIN的相關(guān)性（例如， Bio-Rad Laboratories的Experion™ RNA質(zhì)量指標(biāo)，RQI）。
一些自動電泳系統(tǒng)，如Bioanalyzer和Experion，可以同時處理十幾個或更少的樣品，并且基本上可以從裝載平板凝膠的同一點自動化。對于這些，將凝膠（篩分聚合物）/染料混合物在壓力下壓入微流體芯片的通道中，然后將樣品手動移液到孔中。施加電壓后，樣品通過芯片的架構(gòu)傳輸。試劑盒 - 包括具有不同內(nèi)部構(gòu)型的凝膠，試劑和芯片 - 設(shè)計用于不同尺寸范圍的DNA，標(biāo)準(zhǔn)或高分辨率甚**蛋白質(zhì)分離。
其他儀器建立在多重毛細管電泳（CE）平臺上，對于Qiagen的QIAxcel**系統(tǒng)，“針對所有每天進行12次以上樣品的客戶，”產(chǎn)品經(jīng)理SebastianBühren說。通過迭代使用12毛細管陣列和自動進樣器，QIAxcel無需人工干預(yù)即可處理多達96個樣品。其他自動化CE儀器，如Advanced Analytical Technologies的Fragment Analyzer™，可以使用12或96毛細管陣列購買。此類系統(tǒng)通?？梢詮奈⒐芑?6孔板采樣，并且許多系統(tǒng)具有內(nèi)置自動采樣功能或設(shè)計為機器人兼容。
還有一些，例如PerkinElmer的LabChip®系統(tǒng)，使用自動毛細管“吸管”將樣品從多達384孔板加載到微流控芯片上。
對于Life Technologies的E-Gel®系統(tǒng)，“其自動化部分是整個上游工藝，”**產(chǎn)品經(jīng)理Mazen Karaman解釋道。該裝置可以放在自動化平臺上，因為48孔或96孔板的E-凝膠是干燥的并且用塑料包裹，它們可以通過機器人夾具操縱?？ɡa充說，由于井的定義非常明確，因此很容易將它們映射到自動化平臺上進行自動裝載。
雖然E-Gel上通常需要比基于微流體或CE的系統(tǒng)更大的樣本量，但實際上這可能是一種資產(chǎn)。通過使帶進入第二個切口孔可以回收純化的樣品。因為當(dāng)樣品進入第二個孔時E-凝膠是干燥的，所以可以將其移液到水，TE或其他緩沖液中。
還有較小的12通道E-Gels可用于樣品回收。這些凝膠可以在運行時使用配套燈箱和相機設(shè)置自動成像。（Lonza的FlashGel是一個類似的系統(tǒng)。）卡拉曼說，研究人員并不傾向于用機器人技術(shù)自動化這些小型系統(tǒng)。
電子凝膠系統(tǒng)的資本成本與傳統(tǒng)的平板凝膠鉆機相當(dāng)，其耗材成本與預(yù)制凝膠大致相同。另一方面，微流體和CE系統(tǒng)需要**少10,000美元以及消耗品的資本支出。（Bühren稱其為“現(xiàn)場**便宜的”QIAxcel消耗品，每個樣品起價為30美分**1美元，具體取決于應(yīng)用。）
在計算自動電泳系統(tǒng)的價格時，請問：什么價格時間？什么價格準(zhǔn)確？什么價格再現(xiàn)？然后決定是否值得花費。
