蛋白質(zhì)印跡是生化實驗室中最常見的程序之一?；旧?，它從大小上將蛋白質(zhì)與樣品分開，然后使用抗體進行測試以確定是否存在給定的蛋白質(zhì)。它不僅在研究中有用，而且在醫(yī)學或診斷實驗室中也有用。例如，針對HIV和萊姆病的檢測均包括酶聯(lián)免疫吸附測定（ELISA）檢測，如果ELISA檢測呈陽性，則進行蛋白質(zhì)印跡分析。然而，盡管它很流行，但是蛋白質(zhì)印跡具有一些缺點。

古典蛋白質(zhì)印跡是非定量的。換句話說，盡管他們可以告訴研究人員是否存在某種特定的蛋白質(zhì)，但他們無法量化存在多少蛋白質(zhì)。一些生物技術(shù)公司現(xiàn)在出售試劑盒，使研究人員或?qū)嶒炇壹夹g(shù)人員能夠使用標準曲線定量蛋白質(zhì)的含量-但這僅在有相同蛋白質(zhì)的純樣品可用時才有效。此外，蛋白質(zhì)的分子量只能通過蛋白質(zhì)印跡法估算，而不能像質(zhì)譜法那樣精確確定。

僅當可獲得針對目的蛋白的一抗時，才能進行蛋白質(zhì)印跡。生物技術(shù)公司可以提供許多不同蛋白質(zhì)的抗體，但它們并不便宜；如果無法使用給定蛋白質(zhì)的一抗，則無法進行蛋白質(zhì)印跡以尋找特定蛋白質(zhì)。此外，研究人員可能想確定某種蛋白質(zhì)是否已被修飾（例如，是否已被磷酸化（例如，其上有一個磷酸基團連接）），并且通過蛋白質(zhì)印跡技術(shù)，他們需要對該修飾蛋白具有特異性的抗體蛋白。

正確進行蛋白質(zhì)印跡并獲得良好的結(jié)果可能具有挑戰(zhàn)性，因此必須對員工進行良好的培訓。在這方面，經(jīng)驗也許是最好的導師。即使對于有經(jīng)驗的技術(shù)人員，蛋白質(zhì)印跡也是費時的。例如，實驗的凝膠電泳儀部分通常需要一到兩個小時才能運行。當然，在凝膠運行時還可以執(zhí)行其他任務，但是實驗仍然需要相當長的時間才能獲得結(jié)果。

抗體有時可能會表現(xiàn)出脫靶結(jié)合，這可能導致較差的結(jié)果。此外，通過蛋白質(zhì)印跡，您將使用針對特定蛋白質(zhì)的抗體，因此您的結(jié)果只會告訴您該蛋白質(zhì)是否存在。相比之下，高分辨率質(zhì)譜分析揭示了樣品中存在的所有蛋白質(zhì)，與經(jīng)典的蛋白質(zhì)印跡不同，它是定量的。當然，重要的是要記住，與蛋白質(zhì)印跡法相比，質(zhì)譜法昂貴得多，并且使用起來在技術(shù)上也更具挑戰(zhàn)性。